Hola williamcc, entonces lo que debes hacer es analizar primero el mime de cada archivo utilizando Fileinfo (http://www.php.net/manual/es/ref.fileinfo.php), también puedes hacerlo según la extensión del archivo pero el mime es más efectivo.
Puedes también observar el mime en el array $_FILES, utilizando $_FILES["campo_formulario"]["type"].
Luego que tienes el tipo de archivo lo subes en img/, files/ o la carpeta que quieras.
Es tan simple como eso. Te paso un ejemplo muy básico utilizando la clase Upload() como para que te des una idea pero deberás ajustarlo según tu estructura de directorios, etc:
muchas gracias por tu ayuda pero lo que yo quiero es por decir tengo 3 carpetas uno que almacene pdf pero ahi adentro de esa carpetra otros dos donde se pueda almacenar por decir reportes anuales a la primera carpeta y reportes semestrales a la segunda carpeta pero que yo elija cual sera el destino
ese es mi codigo en mi controlador y tube que modificar del core el archivo upload y ahi puse la ruta a donde tiene que guardar el archivo pero lo que yo quiero es usar varias carpetas
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